近些年来，各类协会、学会等社团组织，在规范行业管理、促进经济社会发展上起到了很大的作用，但受经济利益驱使，其在运行过程中还存在许多问题，主要表现为：
一是社团组织与行政机构混在一起，缺乏独立性。有些社团组织尤其是行业协会或学会与其主管行政机关绞在一起，其主要管理人员和工作人员一般由行政机构的工作人员担任，导致部分行政服务机构，将其所具有的年检（包括执业资格、设备检验等）职能，转移或变相转移到所办的社团组织，使其成为社团组织收取会费、培训费、赞助费的筹码，迫使相关单位及个人要通过年检必须先缴社团组织的会费。
二是收费标准确定由少数人说了算，缺乏公正性。虽然对社团组织的会费标准过去有明确的规定，但是在当前实际执行中，社团组织的收费标准制定和调整多数由理事会确定，而理事会成员正常为管理机构工作人员，很少有最低层的普通缴费会员参与，代表的主要是管理机构利益，难以维护广大普通会员的利益，有些社团组织的收费已成为“乱收费”。
三是经费使用向管理机构和人员倾斜，缺乏透明性。有些社团组织的收费成为其管理机构工作人员奖金和业务招待费用的主要来源之一。某地一具有互助性质的涉农社团组织，2003年至2005年共取得会费收入116万元，支出105万元，支出中用于补偿的仅占11.99%，而其提取、发放的奖金和劳务费等竟占29.43%，转入管理机构用于基建的款项占33.14%，招待费用占9.81%，使用过程不公开、不透明，会员单位和个人基本不知情。
强化社团组织的管理，促进规范运行，从根本上解决行政机构管理的协会中存在的问题，笔者认为重点应做好以下几方面的工作：
一要实行社团组织与行政管理机构的脱钩。割断社团组织与行政管理机构的经济联系，使社团组织独立运行。摆脱社团组织生存对行政管理机构的依赖，纠正行政管理机构及相关人员通过所属的社团组织向企业和个人乱收费，谋取单位和个人私利的问题。
二要加大财政对公共教育的投入。逐步将在职人员的后续教育纳入公共财政支出的范畴，并将涉及资质审查、认定、年检等职能收回相关行政管理机关，避免社团组织借资质审查、认定和年检等机会，向企业和个人收取会员费、培训费、资料费等。
三要规范收费行为。对一般社团组织会费标准，建议由国家或省级物价部门统一确定最高收费标准，各社团组织在规定的标准范围内，经会员代表大会表决通过后确定的自己的会费标准。对互助性社团组织收费标准的确定和调整必须经会员大会通过并报物价部门备案。对培训等服务性收费，必须在物价部门《收费许可证》核定的收费范围和确定的收费标准内进行收费。
四要强化会费使用监督检查。财政、审计、物价等部门要强化社团组织收费及费用支出情况的监督检查，及时发现和处理社团组织在运行中存在违纪违规问题，使社团组织的财务收支管理步入规范化管理轨道。